藥王龜，很老才得了這個綽號兒。
此龜，曾大病，病情危重，遇到一位藥師父。治好之後，好像得了新生，龜就跟著藥師父學醫。
藥師父帶著它，穿過森林，度過湖泊，終於到了：左右上下是一碧純青好像一座綠玉雕成的宮殿，錦緞加身的石獅子，莊嚴而素樸的古塔，仙鶴盤旋高飛、唳呼不絕。城墻飾以各樣的珍貴藥品，寶藥能解除四百零四種病痛，使熱病轉涼，使寒病轉暖，平息八萬魔類。據說，這是一座仙人居住的藥城。
藥師父告訴它，凡人間把錢掛到白鶴頸上，附上一張紙條裝在一個袋裏，寫明自己所需要藥材，白鶴會飛來，請藥城裏面的仙人裝藥，最後按紙條所開的藥材收錢付貨，交白鶴帶回。
藥師父囑咐：“我是你在這裏的保護人，你初來乍到，會被人去試毒。待久了，自然就平安了。等你醫術學成之日，我會將你送回龜峰湖。”
烏龜對藥林裏的藥物感到新奇，氣味芬芳的藥香，藥林藥山藥石還有溫泉，諸藥無所不產，無所不全。它更沒想到它的飯菜裏被投毒的事成了家常便飯，孺童醫師都會用毒。烏龜第一天就中了毒，以為自己要死了，忽而藥師父到它面前，告訴它就當是交學費了。
後，烏龜的悟性越高，藥師父將白鶴帶回的藥方交予它來抓藥，千萬次後，它對藥理、藥性、藥方了如指掌。學成之後，藥師父就將它平安送回。
回到龜峰湖，龜以變通之理研究出了檀香木、沈香的香味療法，以及羊奶、鹽、花的療法，樹的根莖花果及皮木等煮開的水來治病，蓮花做安胎之用，金銀花磨成泥治膿皰，櫻花來解毒，就地取材。實在遇到疑難雜癥，吹個口哨，將白鶴喚來，去仙人的藥城取藥。
藥王龜，學得了藥師父的醫學理論，認為萬病皆由心起，若心靈健康則病無藥自除。它讓病人踩鵝卵石，洗泥浴、做日光浴、聽舒暢的音樂，聽別的動物治愈的經過、睡前要祈禱、醒了有人解夢，以此作為治療。它提醒病患告訴自己：“我不能死”，所以這湖中的動物因病死亡率據說為零。
動物們懂感恩，東家請酒，西家請飯，送魚蛤，送螺，送蟹，每一天，藥王龜都要收下滿滿一擔禮物。